Las puertas del retablo de la catedral de Valencia, contratadas el 1 de marzo de 1507 por "Fernando de Llanos" y "Fernando de l’Almedina", constituyen el punto de partida de los estudios sobre ambos pintores, subrayándose la filiación leonardesca de sus tablas y, consecuentemente, la introducción en Valencia de esquemas y tipos propios de Leonardo. Delimitar la parte de esas tablas que corresponde a cada uno ha resultado, sin embargo, problemática, no existiendo acuerdo unánime en las atribuciones avanzadas hasta la fecha.
Del análisis de las pinturas ejecutadas en solitario al final de sus carreras se desprende un mejor conocimiento de la pintura italiana de finales de quattrocento por parte de Yáñez, quien maneja con soltura y combina con acierto en sus pinturas de la capilla de los Caballeros de la catedral de Cuenca modelos tanto de Leonardo como de Filippino Lippi, que parecen exigir una estancia en Roma previa a su paso por Florencia. La muerte de Lippi en 1504 y el abandono de la proyectada Batalla de Anghiari por Leonardo, que parte para Milán en mayo de 1506, explicarían el retorno a la península, donde aparece en septiembre para incorporarse a la pintura del retablo de los Santos Médicos en el que ya trabajaba Llanos al menos desde el mes de junio de ese mismo año.
La utilización de tipos leonardescos es común a ambos pintores en su producción independiente. Así se ha señalado la influencia de los dibujos de Leonardo para el monumento ecuestre del condottiero Gian Giacomo Trivulzio en uno de los caballeros pintados en el fondo de paisaje de la Adoración de los pastores de la capilla de los Peso en la catedral de Cuenca. Sin embargo, en esta capilla y en la de los Caballeros de la misma catedral, los modelos que más abundan son los tomados de Filipinno Lippi, tanto de sus frescos en la capilla Brancacci en Florencia como los de la Capilla Carafa en Santa María sopra Minerva de Roma, cuyo conocimiento no se evidencia en la producción independiente de Llanos, quien recurrirá al contrario a grabados en particular de Alberto Durero. Sea o no Yáñez el Ferrando del que hablan los documentos florentinos, ese conocimiento directo de los frescos de Lippi tanto romanos como florentinos prueba su estancia en Italia, donde además de un repertorio de tipos humanos adquiere el dominio de la representación tridimensional del espacio y un notable interés por las arquitecturas, en lo que se distanciará también de Llanos en su producción independiente.
Esa diferencia en el modo de abordar las arquitecturas clásicas para crear con ellas un espacio tridimensional organizado llevaron a Diego Angulo Íñiguez, seguido por Fernando Benito Domenech y Pedro Miguel Ibáñez, a asignar a Yáñez en las puertas del retablo de la catedral valenciana las tablas que representan el Abrazo de san Joaquín a santa Ana, la Presentación de la Virgen en el templo, La Visitación, Adoración de los pastores, Pentecostés y el Tránsito de la Virgen, siendo de Yáñez las seis restantes.
Sus composiciones se caracterizan por los rasgos del estilo leonardesco (sfumato, dulzura de los rostros y gestos), la claridad formal y la amplitud escenográfica de los fondos, la profundidad de las figuras, que se presentan en actitud serena y reposada, y la hábil conjugación de arquitectura monumental y personajes de una forma más caracterizada que Llanos. Yáñez presta atención especial a las calidades de ropas y objetos, hecho que representa un rasgo de la vieja tradición flamenca habitual en la escuela española.
Entre sus obras destacan las cuatro del Museo del Prado: Santa Catalina de Alejandría (acaso su obra maestra), San Damián, Santa Ana con la Virgen y el Niño y una tabla adquirida hacia 1992, Cristo resucitado y santos apareciéndose a la Virgen, que debe pertenecer a su etapa en Cuenca y que decae en calidad. Obra igualmente destacable, Los Santos Ermitaños (Milán).
En la ciudad de Valencia hay diversas obras del artista. En el Museo de Bellas Artes de Valencia, además de La Resurrección hay cinco tablitas de tema religioso. En el Colegio del Patriarca, La Anunciación. En la iglesia de San Nicolás: Santa Ana, la Virgen y el Niño dormido.
En Ayora (Valencia): La Virgen, Dios Padre, El Ángel de la Anunciación y San Onofre. En la Colección March (Palma de Mallorca): Juicio Final. En Játiva (Valencia): Juicio Final (quemado en 1936), en la colegiata.
A su periodo conquense corresponden los retablos de La Crucifixión, Epifanía, La Piedad y La Adoración de los Pastores, los tres primeros para Gómez Carrillo de Albornoz, en la catedral de Cuenca.
En colecciones extranjeras se pueden citar La Sagrada Familia de la Colección Grether en Buenos Aires (Argentina) y Cristo entre San Pedro y San Juan Evangelista en la Colección Cremer de Dortmund (Alemania). Esta segunda obra parece ser la misma que en fecha reciente ha pasado a manos de un coleccionista español.
